合金弹头3跟前几代不同的是增加了水下战斗、横版和纵版飞行射击战斗更加丰富了游戏的战斗系统。游戏中不同的选择会有不同的分支路线，游戏一共有5个关卡，前4关可以走不同风格的路线，但最后一关是一样的。

合金弹头3还增加了新武器雷暴云和机动卫星，这2种新武器会释放闪电或非常猛烈的光束。还增加了小型潜艇载具 、大象载具 鸵鸟载具 钻地坦克载具 、宇宙战斗艇载具 、动力装甲载具 。

合金弹头3WinKawaks街机模拟器按键设置方法：
一般情况下，本站游戏都已设定好默认按键，运行即可轻松游戏；
若玩家对游戏按键不满意或要重新设定，方法如下:
菜单栏处--“游戏”选项卡--“重新定义键位设定”选项卡-“重新定义玩家1的按键”选项卡（其他玩家方法一样），该款街机模拟器同时支持游戏手柄和键盘,并最多支持四个玩家。
WinKawaks街机模拟器退出方法：
退出游戏前，按下Enter键（回车键）暂停游戏，再对游戏进行关闭；
若不按以上操作，游戏界面会提示"Pause Emulation Before Quitting"（退出前请暂停游戏）。