ClustalX是一款序列比对分析软件，可以帮助用户对多重序列进行对比，通过比对不同物种的序列，来确定序列和其他序列间的同源性大小，在软件中你可以一次导入多重序列，同时进行对比。先设置比对的序列文件，然后设定比对的参数，最后开始进行对比，在比对完成后你可以直接保存比对的结果，方便后续进行查看和更新。
软件特色
ClustalX官方版是CLUSTAL 多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。
你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序;你可以选择序列子集进行比对;你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中;可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
软件功能
用于多重比对不同物种的序列，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，是生物学上用来研究分子序列的应用程序,在对核酸与蛋白序列进行多序列比对时就要用到它。
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